Афониада - это богословская академия, которая была основана в 1748 году по инициативе Ватопедского монастыря и Константинопольского патриарха Кирилла V. Первым ректором богословской академии стал Евгений Вульгарис, преподаватель философии, а в последствии - Архиепископ Херсонский и Словенский. Также в этой школе преподавали преподобный Косьма Этолийский и Афанасий Паросский. Общежитие насчитывало до 170 комнат и трапезную, имелась церковь, библиотека и аудитории.

После 1809 года школа была закрыта, а в 1844 году новая Афониада была организована в Карее, в келье Сакелария, которая принадлежала монастырю Кутлумуш.

В 1930 году Афониада переехала на свое сегодняшнее место, в южное крыло Андреевского скита.